В ряду основных проблем, которые приходится решать в учреждения, одной из первых является проблема здоровья воспитанниц. Медицинская санитарная часть находится в здании спального корпуса и имеет следующие кабинеты: стоматологический, гинекологический, перевязочный, физиотерапевтический, процедурный, кабинет для дежурного медицинского персонала, санузел, в котором имеется душевая кабина, комната хранения лекарственных препаратов.

В МСЧ Ишимбайского СУВУ ведется профилактическая и лечебно-оздоровительная работа. Должное внимание уделяется санитарно-просветительской работе. В ее задачи входит заложить прочный фундамент высокой санитарной культуры молодого поколения. Обучить воспитанниц гигиеническим навыкам и санитарным знаниям, которые необходимы для того, чтобы в течении всей жизни использовать их для сохранения и укрепления здоровья, а так же для продления человеческой жизни. Медицинский персонал несет ответственность за соблюдение санитарно-гигиенических норм, режим и качество питания воспитанниц.                   

Ежегодно проводится диспансеризация детей - сирот и детей, попавших в трудную жизненную ситуацию, врачами специалистами (педиатр, невролог, офтальмолог, гинеколог, детский хирург, эндокринолог, отоларинголог, детский стоматолог, ортопед-травматолог, психиатр) с использованием лабораторных и функциональных исследований. Охват 100%